バフンウニのゲノムを解読し、データベースで公開―遺伝子名で検索でき、研究、教育用に全ての人が利用可能に：筑波大学ほか
(2018年3月15日発表)
筑波大学は日本産バフンウニのゲノム（全遺伝情報）を解読し、そのデータベースを作成して公開したと3月15日に発表した。バフンウニは発生生物学や細胞生物学の研究材料として重宝されている。教育現場の学習材料として全ての人がデータベースを利用できるようにした。情報・システム研究機構国立遺伝学研究所、お茶の水女子大学、広島大学との共同研究となった。
バフンウニはほぼ日本全国で採取できる。甘みとコクがあり寿司ネタなどの人気が高い。捕まえ易く、人工授精などが容易なことから発生学や細胞生物学の基礎実験に使われ、教育現場の学習材料にも用いられている。
北米産のアメリカムラサキウニのゲノム配列が公開されこの分野の研究を推進させたが、似たような日本のバフンウニや、欧州のヨーロッパムラサキウニのゲノム情報は報告されたことがなく、公開が求められていた。
筑波大学は、下田臨海実験センター（静岡県）付近で採れたオスのバフンウニの精子からゲノムDNAを抽出し、次世代シーケンサーによって膨大な量のゲノムの塩基配列を決定した。また一対のオスメスから得た卵と精子を使って受精させ、発生させた胚のRNA配列の解析を数時間毎に4段階で実施した。
その結果、バフンウニのゲノムは約800メガベースで、約2万5,000個の遺伝子を含んでいた。アメリカムラサキウニのゲノム解析で得られたデータと非常に類似していた。
ゲノム情報はデータベース「HpBase」で公開されており、検索に当たって ①遺伝子名、遺伝子IDで拾える ②類似のゲノム配列や遺伝子配列を検索できる ③バフンウニを使った実験手法をダウンロードできる、など、誰でも使えるように利便性を高めた。